高分辨分子量通過液質聯用的方法,通過C4色譜柱的保留分離,(前10Min有 Load過程，相當于脫鹽)，帶電范圍M/Z 400-4000，可帶多電荷。誤差較小。MALDI-TOF通過帶一個電荷，離子化方式通過激光激發檢測。兩者在3000Da以下的分子量檢測精度和誤差上沒有區別，可選擇MALDI-TOF測試。對大分子，3000Da以上的可以選擇高分辨，誤差較小。高分辨分子量對樣品要求較高，需要純度較高，糖基化等修飾少。

不是所有的蛋白質都能進行質譜法C端測序，首先要有理論序列。其次，有些蛋白沒有合適的酶來切到合適的片段，切到的肽段太大（25個氨基酸以上）或太短（7個氨基酸以下），都不太適合質譜檢測，那么找到C端肽段的機會會很小。

1. 樣品中的理論配對方式的可能含量很低，或者酶切之后的肽段量低于質譜檢測線，所以無法被質譜檢測器檢測到。 2. 樣品中存在理論配對方式不符的狀況，無法和理論的配對方式進行匹配。 3. 質譜檢測對肽段分子量大小有限制。一般M/Z比值在300-1800之間，且容易被離子化的片斷才能被檢測到。所以某些酶切之后肽段過小或者過大，或者肽段離子化效率很低，質譜無法進行檢測。