樣品若是溶液樣品,濃度及鹽離子濃度合適,直接進行上機測試,不經處理。若是固體樣品,直接溶解在20%ACN,0.1%FA,等易揮發試劑中,進行上機即可。
樣品中是多糖位點,多種糖型時, 因為出峰較雜,規律性較差,無法進行去卷積。在MALDI-TOF的分子量測試時 ,因為含糖基之后的蛋白質在飛行管內的飛行路線會發生改變。所以導致檢測分子量不準確,一般會偏小1-2萬分子量。
出現不同的洗脫時間,可能由于肽段有異構化現象,分子量一樣,但是極性不同,所以會出現洗脫時間有一定的差異。另外有些可能是由于肽段的豐度較高,洗脫時間過長,出現一定的拖尾現象。
適用于800-4000Da左右的小肽,太長的序列用MALDI-TOF的方法二級可能碎裂不太完全。
胰酶的使用量是蛋白質的1/50,在質譜上基本不會對蛋白質的肽段峰產生影響。
重復性較好,能通過和標準對照品一同實驗來比較一致性,主要是判斷出峰數量和出峰時間的一致性。最好是樣品和對照品一同酶解,一同進行液相檢測。如果中間隔較長時間,且不是同一批酶解,可能會出現細小的差別。主要是酶解較難控制。