樣品若是溶液樣品，濃度及鹽離子濃度合適，直接進行上機測試，不經處理。若是固體樣品，直接溶解在20%ACN,0.1%FA,等易揮發試劑中，進行上機即可。

樣品中是多糖位點，多種糖型時， 因為出峰較雜，規律性較差，無法進行去卷積。在MALDI-TOF的分子量測試時 ，因為含糖基之后的蛋白質在飛行管內的飛行路線會發生改變。所以導致檢測分子量不準確，一般會偏小1-2萬分子量。

出現不同的洗脫時間，可能由于肽段有異構化現象，分子量一樣，但是極性不同，所以會出現洗脫時間有一定的差異。另外有些可能是由于肽段的豐度較高，洗脫時間過長，出現一定的拖尾現象。

適用于800-4000Da左右的小肽,太長的序列用MALDI-TOF的方法二級可能碎裂不太完全。

胰酶的使用量是蛋白質的1/50，在質譜上基本不會對蛋白質的肽段峰產生影響。

重復性較好，能通過和標準對照品一同實驗來比較一致性，主要是判斷出峰數量和出峰時間的一致性。最好是樣品和對照品一同酶解，一同進行液相檢測。如果中間隔較長時間，且不是同一批酶解，可能會出現細小的差別。主要是酶解較難控制。