深度空間代謝組學常見Q&A（技術介紹及樣本準備）

2022-04-22

空間代謝組學作為一種新技術，很多老師們開展實驗前對于樣本準備和前處理存在很多疑問，本文總結了開展項目和樣本前處理的常見問題供大家參考。

Q1 什么是空間代謝組學？
空間代謝組學（Spatial Metabolomics）基于質譜成像（Mass Spectrometry Imaging，MSI）開發，能夠直接從生物組織中獲得大量已知或未知的內源性代謝物和外源性藥物等分子的結構、含量和空間分布信息，避免通過勻漿處理樣本，造成的代謝物空間信息丟失，實現空間水平高分辨率且能精準定位組織中的代謝物分布。對組織中的代謝異質研究、積累和調控機理至關重要。

Q2 空間代謝組的工作流程是什么？

圖1 空間代謝組學工作流程

中科新生命深度空間代謝組學提供由切片到分析的完整深度空間代謝組學解決方案，基于Bruker最新質譜成像平臺TIMS-TOF flex MALDI 2搭建，同時可開展靶向檢測與非靶向探索兩種模式，結合多功能集成成像分析工作站可以滿足多元化分析檢測需求，小伙伴們僅需準備好組織樣本即可開展實驗。

Q3 什么樣本可以用來做空間代謝組分析？
理論上可以被制備成切片的組織樣本均可以開展空間代謝組學分析，在準備過程中需要注意樣本中代謝物種類、含量和空間分布不受到非實驗因素影響，所以通常使用新鮮組織樣本進行空間代謝組學分析。另一方面大家比較關注FFPE類樣本，因為其在脫水及固定的過程中代謝物伴隨各類溶劑大量流失，空間分布發生變化，導致最終檢測效果無法真實反應表型，所以不推薦使用。

Q4 要制備一張高質量的切片，送樣前處理應該做什么？
最佳推薦方法是使用10%的CMC通過異戊烷+干冰速凍對組織進行包埋。其中異戊烷與干冰一起使用可以達到比較理想的控溫效果，極大程度減少組織中因速凍產生的冰晶，可以在速凍保持代謝物狀態的同時，維持較好組織的形態。

圖2 推薦包埋流程

如果實驗中缺乏包埋條件，也可以選擇干冰或者液氮直接速凍，后續再由我司進行包埋，但是這種方法可能會導致組織內部產生較多冰晶。
*具體操作方法請聯系我們并索要《中科新生命深度的空間代謝組學送樣建議》

Q5 樣本可以保存多久？可以分批采樣嗎？
可以分批采樣，樣本在-80℃條件下可以長期保存，樣本盡可能保存于低溫冰箱深處并保持與空氣隔離，可以有效防止外部水汽在樣本表面凝結形成冰晶或者凍融導致樣本結構形態產生變化。

Q6 可以直接送切片樣本進行空間代謝組學分析嗎？
可以，自制切片可以節省溝通時間，加快實驗周期。需要注意的是空間代謝組學樣本需放置于導電載玻片上，如自制切片請提前聯系我們寄送導電載玻片，標準導電載玻片規格為2.5cm * 7.5cm，切片放置區域為下圖紅框標定的定位孔內。

圖3 導電載玻片

Q7 直接寄送組織類樣本后，如何開展切片實驗呢？
送樣后技術部會與您溝通時間，以在線實時的形式，共同完成切片與H&E染色，直到確認上機檢測的切片。

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